Jesi ha origini molto antiche, venne fondata dall'antico popolo degli Umbri; si ritiene sia stata l'ultimo avamposto degli Umbri in territorio piceno. Nel IV secolo a.C. i Galli Senoni, popolazione celtica calata dal nord (Senoni dalla città francese di provenienza Sens), scacciarono gli Umbri e si stanziarono sulla costa orientale dell'Italia, da Rimini ad Ancona, in quello che venne denominato Ager Gallicus. Stabilirono il confine sud del loro dominio sul fiume Esino facendo di Jesi l'ultima roccaforte di difesa contro i Piceni. Vi fondarono "Sena Gallica" (Senigallia) che divenne la loro capitale.
Per oltre un secolo si verificarono molti scontri fra i Galli Sènoni e i Romani, finché, a seguito della Battaglia del Sentino del 295 a.C. Roma sconfisse definitivamente i popoli Italici, nel 283 a.C. i Galli Sènoni furono debellati e quindi sottomessi. I Romani stabilirono nel tempo numerose colonie, Jesi nel 247 a.C. venne trasformata nella colonia civium romanorum di "Aesis" e incorporata nella Regio VI Umbria. Nasce così il municipium di Aesis con una struttura urbanistica corrispondente al modello del Castrum, modello sostanzialmente rimasto intatto.
Dopo lunghi periodi di guerre e sottomissioni, nel 1130 Jesi si erge a Libero Comune con un proprio Governo autonomo, Podestà, Consoli e Scuole di Arti e Mestieri che segnò il tramonto del feudalesimo. Segue il momento storico più interessante della città, con l'elaborazione degli Statuti, con la costruzione dei palazzi del Podestà, del Comune e la Cattedrale intitolata a S. Settimio, si fortificano le mura sul tracciato di quelle d'epoca romana. Durante il XII secolo e quelli successivi nobiltà locale, artigiani e commercianti s'allearono fondando la cosiddetta "Respublica Aesina" e cominciarono la conquista del Contado, che sottrassero ai grandi feudatari laici ed ecclesiastici, più conosciuti come Castelli di Jesi. Questa espansione territoriale creò scontri furiosi con i vicini più potenti, fra i primi Ancona, con la quale si susseguirono lunghe e dure lotte di supremazia. Il 26 dicembre 1194 nacque, in una tenda imperiale nella piazza centrale della città, l'antico Foro romano, il grande imperatore Federico II, che donerà a Jesi il titolo di "Città Regia" che sanciva importanti diritti di piena autonomia, grandi privilegi sul dominio del Contado e libertà comunali che neanche la Chiesa, con il suo alterno dominio, poté più togliere. Jesi passò così definitivamente alla fazione ghibellina e le sue fortune politiche saranno legate per anni a quelle di Federico II e dei suoi figli Enzo e Manfredi con l'ottenimento di "privilegi imperiali" seguiti da inevitabili "scomuniche ecclesiastiche".
La fine del periodo signorile, la fine della peste e la ricomposizione dell'assetto comunale donano al potere centrale un certo equilibrio stabile e avviano dapprima una grande ripresa economica, demografica e soprattutto edilizia della città. A partire dalla seconda metà del quattrocento si modifica profondamente il volto architettonico della città con la costruzione di nuove chiese e palazzi e la progressiva espansione urbanistica fuori dalla cerchia delle vecchie mura. Sono di questo periodo il rafforzamento del sistema difensivo cittadino ad opera del fiorentino Baccio Pontelli, la costruzione su progetto del senese Francesco di Giorgio Martini del Palazzo della Signoria, uno dei più bei palazzi monumentali della Marca. Accanto alla rinascita economica ed edilizia c'è quella culturale: il pittore veneziano Lorenzo Lotto realizza per alcune Chiese della città capolavori assoluti d'arte e spiritualità; Federico Conti da Verona stampa a Jesi nel 1472, una delle primissime edizioni della Divina Commedia e Ciccolino di Lucagnolo, cesellatore raffinato e maestro di Benvenuto Cellini sviluppa e perfeziona l'arte orafa. Verso la fine del '500 l'oligarchia locale, costituitasi ormai solidamente in ceto di proprietari terrieri rivendica a se tutto il potere politico e amministrativo, potere che mantiene fino alla fine del '700.
Nel 1797 le truppe napoleoniche porranno fine sia al monopolio nobiliar-papale che al dominio sul Contado. Due riferimenti storici più significativi da segnalare per il secolo XVIII: la trasformazione architettonica ed urbanistica della città e la nascita di Giambattista Pergolesi e Gaspare Spontini, due grandi personalità nel campo della musica che si affermarono in tutta Europa. Nel 1808 con l'annessione delle Marche al Regno Napoleonico, nella cosiddetta Repubblica Romana, Jesi diviene uno dei capoluoghi di distretto del Dipartimento del Metauro. Con la caduta di Napoleone a Waterloo e la succesiva Restaurazione del 1815, Jesi ritornò di nuovo sotto i papi, ma comincia a prendere forma una concezione laica e borghese dello Stato. Nei primi decenni dell'800 inizia a Jesi un graduale processo di industrializzazione con la nascita delle prime manifatture per la seta. Le vicende risorgimentali che condurranno alla unità d'Italia coinvolsero diversi personaggi jesini tra cui il Marchese Antonio Colocci eletto nel 1849 quale rappresentante della Provincia di Ancona all'Assemblea Costituente della Repubblica Romana e poi, dopo l'Unità, quale deputato e Senatore del Regno. Il 15 settembre del 1860 i bersaglieri entrarono a Jesi mentre cinque giorni più tardi, nella vicina Castelfidardo le truppe piemontesi guidate dal generale Cialdini sconfiggono l'esercito papale nella Battaglia di Castelfidardo, sancendo la definitiva unione delle città al Regno d'Italia.